Awalnya dalam klasifikasi System Naturae hanya
ada hewan, tumbuhan,
dan mineral. Mineral lalu
dibuang dari klasifikasi makhluk hidup.
Setelah ditemukannya mikroskop, para ilmuwan mulai
menggolongkan mikroorganisme ke dalam hewan dan tumbuhan. Tahun 1866 Ernst
Haeckel
mengajukan
sistem tiga kingdom, yaitu menambahkan Protista sebagai kingdom baru yang
berisi sebagian besar makhluk hidup microskopik. Salah satu dari 8 divisio Protista adalah
Moneres, yang meliputi sekelompok bakteri seperti Vibrio. Kemudian para
ilmuwan membuktikan bahwa kingdom Protista hampir tidak ada kemiripannya untuk
dijadikan sebuah kingdom.
Meskipun kita bisa membedakan prokaryota dan eukaryota dari
ada/tidaknya inti sel, mitosis atau fisi
biner sebagai cara berkembang biak, ukurannya, dan ciri lain, tapi monofilia dari Monera
masih kontroversial selama beberapa dekade. Tahun 1937 Édouard Chatton
mengusulkan klasifikasi dua kingdom, Eukaryota dan Prokaryota,
meskipun papernya tidak banyak ditinjau ulang sampai tahun 1962, karena dia
tidak menekankan pembeda antar dua kingdom itu, seperti para ahli biologi di
masa itu.
Roger Stanier dan C. B. van Niel percaya
bahwa bakteri (pada saat itu alga hijau-biru belum masuk bakteri) dan alga
hijau-biru berasal dari induk yang sama, yang kemudian membuat dia mengeluarkan
pernyataan di tahun 1970, "Alga hijau-biru tidak ada bedanya dengan
bakteri".
Pada tahun 1949, E. G. Pringsheim dalam
tulisannya mengatakan bahwa bakteri dan alga hijau-biru berasal dari induk yang
berbeda.
Tahun 1974, Bergey's Manual mengeluarkan
istilah cyanobacteria untuk mengacu pada alga
hijau-biru, membuatnya diterima ke dalam kelompok Monera.
Tahun 1969, Robert Whittaker mengusulkan sistem
lima kingdom. Sistem ini meletakkan sebagian besar makhluk hidup bersel satu ke
dalam Monera (prokaryota) ataupun Protista
(eukaryota).
Tiga kingdom lainnya adalah dari eukaryota: Fungi, Hewan,
dan Tumbuhan. Namun Whittaker tidak percaya bahwa semua kingdomnya
monofilia.
Tahun 1977, sebuah paper dari PNAS ditulis
oleh Carl Woese dan George Fox mengusulkan bahwa Archaea (sebelumnya
dinamai archaebacteria) tidak lebih dekat dengan Bakteri daripada
dengan eukaryota. Paper ini menjadi halaman utama di koran The
New York Times dengan kontroversi yang besar. Karena diterima
khalayak, kingdom Monera akhirnya diganti menjadi dua kingdom baru Bacteria dan Archaea.
Akan tetapi, Thomas Cavalier-Smith tidak pernah terima dengan
pembagian menjadi dua kelompok ini, dan mempublikasikan bahwa archaebacteria
adalah bagian dari sebuah subkingdom dari Kingdom Bacteria.